Sieht so aus als würde Lilypond versuchen, dein chordChanges mit den Pausen zusammen zu stellen. Da das A-Akkord in Takt 4 direkt mit der Pause losgeht, so zu sagen, sind die auch vertikal in einer Linie. Wenn du zwei halbe Pausen daraus machst, dann sieht es vielleicht besser aus.
Sonst kannst du das "r1" mit "s1" ersetzen, dann hast du ein leeren Takt mit Akkorden drüber.....
Mit R1, wie ding-dong vorschlägt, hast du aber genau das was du willst.... die Pause in der Mitte...