Du hast die staff-size am PDF erkannt? Respekt:-)
Das geht (mit einer Fehlertoleranz durch mögliche "Zwischengrößen") recht einfach: Die für Noten "zuständige" Emmentaler-Schrift gibt es in verschiedenen Größen, und bei Dir waren 11 und 13 eingebunden.

Die Lösung sieht ganz gut aus... auf den ersten Blick ungewohnt, der Abstand zwischen den Gruppen. Aber wenn ich darüber nachdenke ist das vielleicht gar nicht so schlecht. Das könnte sogar die Übersicht in der Partitur erhöhen, wenn die Gruppen etwas voneinander abgesetzt sind.
Natürlich funktoniert der
stretchability-Ansatz auch zwischen Einzelzeilen (also auch innerhalb der Gruppen).
Wenn Du statt
staffgroup-staff-spacing die strechability von
staff-staff-spacing vergrößerst, sind die Zeilenabstände unabhängig von den Gruppen gleichmäßig verteilt.
Wenn Du beide stretchabilities mit unterschiedlichen Werten bestückst, kannst Du beliebige Zwischenlösungen erzeugen, bei denen beispielsweise die Zeilenabstände innerhalb der Gruppen zwar auch gedehnt werden, aber nicht so stark wie zwischen den Gruppen, z. B. so:
\layout {
\context {
\StaffGroup
\override StaffGrouper #'staffgroup-staff-spacing #'stretchability = #100
\override StaffGrouper #'staff-staff-spacing #'stretchability = #50
}
}
Das kann man sich vorstellen wie verschieden starke Gummis dazwischen.

Instrumente, die zwei oder mehr Systeme haben (Piano, Orgel, Harfe...) sollten aber auf keinen Fall "gestreckt" werden - das kommt bei diesem Beispiel aber nicht vor. In solchen Fällen kann man mit
\with für einzelne Staffs gezielt Ausnahmen machen.
Viele Grüße
Torsten