Diese Ligaturklammer ist etwas schlecht unterstützt (wie die Unterstützung Alter Musik allgemein), aber du könntest diesen Fehler an die lilypond bug-Liste melden -- vielleicht hat ja jemand Zeit dazu übrig. Im Moment fällt mir auch kein anderer Weg ein -- du könntest dich mal nach den "spanners" (auf deutsch als "Strecker" übersetzt) umschauen, vielleicht ist da etwas dabei, was dir weiterhilft. Das sind die Linien, die variable Länge haben und sich von Objekt zu Objekt erstrecken je nach Abstand.
Gruss
Till