Im Anhang das Ergebnis. Ich hab mal probiert, möglichst wenig an deiner Struktur zu ändern; hab aber bei der Gelegenheit mal u. a. den ganzen mutopia- und Copyright-Kram rausgeschmissen; Pärt lebt ja noch

Das Titelblatt verwendet nicht die \header-Informationen, ich dachte mir, es ist weniger Aufwand, an dieser einen Stelle einfach den Text von Hand hinzuschreiben.
Die Abstände kannst du in cover.ily leicht anpassen, jetzt, wo die nicht mehr mit \null, sondern mit \vspace erzeugt werden

Meine eigenen Projekte haben eine etwas andere Struktur:
• Eigene Befehle, die ich in verschiedenen Projekten verwenden kann, wie bei dir \rit, \atempo, \dubow (mein Befehl für Abstrich-Aufstrich) sind in eigenen Dateien an zentraler Stelle, diese werden je nach Bedarf des Projekts von global.ily eingebunden.
• global.ily enthält \header, \layout und evtl. \midi
• Für jeden Satz gibt es eine Datei mit der Satznummer als Namen, z.B. III.ily. Diese bindet global.ily ein und enthält Definitionen für IIIglobal, IIIVlI, IIIVlII, IIIVa, IIIVc etc. Ich trenne hier nicht nach Instrumenten, damit ich nicht so viel zwischen Dateien hin und her wechseln muß. Ich habe auch keine Kommentare mit Taktzahlen, sondern verlasse mich für das Zurechtfinden in diesen doch dann sehr großen Dateien vollständig auf LilyPonds point-and-click in Frescobaldi (Klick auf Note → Cursor springt an gleiche Stelle im Code; Strg+J → Notenansicht springt dahin, wo der Cursor im Code gerade ist).
• Dann habe ich für jeden Satz eine eigene Partitur-Datei (z. B. PartiturIII.ly), die III.ily einbindet und einen \score-Block enthält. Evtl. noch MidiIII.ily für einen \score mit \midi-Block. In III.ily steht am Anfang der Kommentar
% -*- master: PartiturIII.lywodurch Frescobaldi diese Datei kompiliert, wenn ich III.ily offen hab und Strg+M drücke (sehr praktisch, ich spar mir so Dateiwechsel).
• Und dann noch die Dateien Partitur.ly (bindet einfach alle Partituren der einzelnen Sätze ein) und Stimmen.ly. Letztere bindet I.ily, II.ily, … ein und enthält einen \book-Block für jedes Instrument, der gleich alle Sätze enthält. Es werden also aus dieser Datei je ein PDF pro Instrument erzeugt. Die Stimmen könnte ich natürlich auch nochmal nach Sätzen oder Instrumenten aufteilen, das lohnt sich für mich aber nicht, weil ich meistens in der Partitur arbeite und in den Einzelstimmen nur noch Kleinigkeiten, die kein häufiges Kompilieren erfordern.
Vielleicht ist da ja die eine oder andere Anregung für dich dabei

Für Versionen mit und ohne Cover müßte man das natürlich anpassen, aber das sollte auch möglich sein, denk ich.
Edit: Hab in Violine1_1.ily und Violine1_2.ily stark gekürzt wg. potenziellen Urheberrechtsproblemen, danke an harm für den Hinweis.