Ich glaube nicht, dass das so geht in LilyPond. Es gibt aber Alternativen (ich nenne mal das Gesamtding gesamt.ly und das nicht zu kompilierende teil.ly):
• Frescobaldi kennt sog. „document variables“ (siehe
Dokumentation). Füge am Anfang von teil.ly einen Kommentar
% -*- master: gesamt.ly; ein, dann wird Strg+M gesamt.ly kompilieren, obwohl teil.ly offen ist. Edit: Das ist auch das, was RobUr vorgeschlagen hat, ich hab bloß länger für diesen Post gebraucht

• Du kannst Frescobaldi per Rechtsklick auf den Tab mit gesamt.ly mitteilen, dass immer gesamt.ly kompiliert werden soll, egal, welcher Tab gerade offen ist.
• Überlege, ob du deine Dateien so strukturieren kannst, dass auch teil.ly ohne Probleme kompiliert und entweder gar nichts ausgibt (weil nur Variablen definiert werden) oder ein kleineres PDF mit nur diesem einen Lied. Wenn du z. B. gemeinsame Header brauchst, pack die per \include in teil.ly; wenn du genaueres über die Struktur deiner Dateien verrätst, kann man dir da vielleicht weitere Tips geben.
• Nicht speziell zu diesem Frescobaldi-Problem, aber vielleicht trotzdem hilfreich: Es ist halbwegs üblich, nicht allein zu kompilierende Dateien nicht .ly zu nennen, sondern .ily. Das macht nicht jeder so und es ändert an Frescobaldis und LilyPonds Verhalten auch erstmal nichts, aber es erleichtert dir selbst den Überblick oder in größeren Projekten auf dem Terminal (oder im Makefile) sowas wielilypond *.lyIch habe z. B. bei Kammermusik dann so Dinge wie I.ily, II.ily, III.ily (Noten der drei Sätze in Variablen), global.ily (\header, gemeinsame \includes, \layout für Context-mods), Partitur.ly, Stimmen.ly (mehrere \books, alternativ könnte man hier auch vlI.ly, vlII.ly, va.ly, vc.ly, … nehmen). Ach ja, und PartiturI.ly, PartiturII.ly, PartiturIII.ly, um das Kompilieren beim Komponieren kurz zu halten.