Was hier
passiert ist nicht sooo verwunderlich.
Der override für StaffSymbol.break-align-symbols arbeitet die gegebene Liste, (time-signature key-signature staff-bar break-alignment), von links nach rechts ab. Und beim ersten gefundenen grob weiß das StaffSymbol, daß es hier aufhören soll. Jedoch wird infolge des transponierens aus D-Dur C-Dur. Welches aber gar keine Vorzeichen im Sinne einer KeySignature hat. Stattdessen müssen aber die Vorzeichen der vorangegangenen Tonart aufgehoben werden, es entsteht dann ein KeyCancellation-grob.
Um hier etwas weiter zu kommen muß man dieses also in die Liste aufnehmen, der override lautet dann:
\override Staff.StaffSymbol.break-align-symbols =
#'(time-signature key-cancellation key-signature staff-bar break-alignment)
Das ist aber nur die halbe Miete, denn der Staff bricht unmittelbar und ohne jegliches padding oder dergleichen am rechten Rand der KeyCancellation ab, unschön.
Das kann man in diesem Fall zwar fixen mit:
\once \override Staff.KeyCancellation.X-extent = #'(0 . 1.17)
\once \override Staff.KeyCancellation.space-alist.right-edge =
#'(extra-space . 0)
aber für jede andere Tonart oder Transposition sind wieder andere Werte zu ermitteln, noch unschöner

Vielleicht fällt mir noch was besseres ein.
Gruß,
Harm