Naja, das Problem ist ja, dass solche Töne, die von der gleichstufigen Stimmung abweichen, per pitch bend in MIDI realisiert werden. Man kann aber nicht einen Ton gleichzeitig in zwei verschiedene Richtungen benden. Geht der bend nicht sogar nur kanalweise? Dann bräuchtest du die beiden Akkordtöne sowieso auf verschiedenen Kanälen (üblicherweise ein Kanal pro Staff, also bräuchtest du zwei staves, oder?).
Edit: Wenn ich das mit den pitch bends pro Kanal richtig in Erinnerung habe, könnte daran sowieso dein Projekt „reine Klaviermusik in MIDI“ scheitern. Es sei denn, du findest in LilyPond eine Möglichkeit, Akkorde automatisch auf verschiedene Kanäle zu verteilen. Eine Idee wäre, für jeden Ton einen Kanal herzunehmen. Dann kommst du allerdings nur 16 Töne weit (z. B. c, cis, des, d, es, e, f, fis, ges, g, gis, as, a, b, h, ces).