Warum die Klammern so sind, wie sie sind, weiß ich nicht. Auch nicht, warum sa falsch positioniert wird. Aber gegen letzteres weiß ich eine Abhilfe: Schreib in Zeile 53
\context Staff = "sa" \with { alignAboveContext = "tb" } Es sieht aber (wegen der neuen Taktangabe) so aus, als würde sa neu erstellt werden, obwohl du \context benutzt.
Ich habe die Vermutung, dass tb beim ersten Mal als Teil von satb erstellt wird, deshalb wird satb dann immer automatisch implizit zum Leben erweckt, wenn tb dran ist, daher die Klammer. Ähnlich wie LilyPond implizit aus
{ c } sowas in der Art von
\new Score { \new Staff { \new Voice { c } } } macht.
Ich würde dir immer noch dazu raten, \RemoveEmptyStaves zu verwenden. Dadurch wird der Code meiner Meinung nach
sehr viel übersichtlicher (ich blick da jetzt schon nicht durch, aber das Stück soll ja noch länger werden und Noten enthalten), und du hast all diese Probleme nicht. Weder mit Klammern, noch mit falscher Anordnung, noch mit zusätzlichen Taktartangaben.
Und zu deinem Einwand, dass die Pausen sich nicht richtig anfühlen: Für den Chor kann ich das verstehen, wenn du zwischen Unisono und vierstimmig wechselst. Aber denk dir einfach den vierstimmigen Chor und den unisono-Chor als zwei verschiedene, dann geht das (oder unisono als „alle singen den Sopran mit“). Und für die Orgel ist das meiner Meinung nach richtig: Sie hat nun mal Pause, dann kann man das auch hinschreiben

Und es ist ja kein großer Aufwand, wenn man Mehrtaktpausen wie R1*8 verwendet.
Ach ja, eine Anmerkung noch zum Thema Bug oder nicht: Wenn man eine Kantate oder ein Oratorium oder sowas mit wechselnden Besetzungen hat, dann sind das ja quasi mehrere Sätze. Die werden dann in der Regel auch in mehrere \scores gepackt, schon hat man all diese Probleme nicht mehr. Es ist einfach äußerst ungewöhnlich, in ein und demselben score mehrere Staffs etc. nacheinander zu haben, weil Musik erstmal ja gleichzeitig passiert.
Das ist aber meine ganz persönliche Meinung.