Hallo Werner und willkommen im Forum!
Wiederholungen in midi sind eigentlich gar nicht mal so schwierig (die LilyPond-Entwickler haben an vieles gedacht

), man muss dafür nur zwei \scores anlegen (einen fürs PDF (evtl. mit \layout-Block) und einen fürs Midi (mit \midi-Block und \unfoldRepeats)). Damit man nicht alle Noten doppelt eingeben muss, kann man die Stimmen in Variablen auslagern:
\version "2.16.2"
violine = \relative c' {
\repeat volta 2 {
c4 d e f
} \alternative {
{ g a g2 }
{ e4 d c2 }
}
}
viola = \relative c {
\clef alto
\repeat volta 2 {
c4 d e f
} \alternative {
{ g a g2 }
{ e4 d c2 }
}
}
\score {
<<
\new Staff \with {
instrumentName = "Violine"
} {
\violine
}
\new Staff \with {
instrumentName = "Viola"
} {
\viola
}
>>
}
\score {
\unfoldRepeats
<<
\violine
\viola
>>
\midi { }
}Grundsätzlich gilt: bitte gib immer deine verwendete LilyPond-Version an (am besten, du schreibst sie auch in deine .ly-Dateien). Außerdem darfst du für neue Probleme gerne ein neues Thema aufmachen (hier gings ja eigentlich um \repeat volta speziell mit \break

)