Hallo Pepe,
Frescobaldi tut nichts anders, als lilypond aufzurufen. Und weil lilypond alle evtl. schon vorhandenen Dateien überschreibt (auch die log-Dateien und die eps-Dateien), verhält sich Frescobaldi ebenso.
Wenn Du eine pdf-Datei gegen Überschreiben schützen willst, könntest Du beispielsweise das Schreibgeschützt-Attribut setzen oder die Datei an einen sicheren Ort kopieren.
Wenn Du eine Sind-Sie-sicher?-Nachfrage möchtest, könntest Du höchstens ein entsprecendes Script schreiben und von Frescobaldi anstelle des einfachen lilypond-Aufrufs ausführen lassen:
Edit -> Preferences...
"LilyPond Preferences" auswählen
bei "LilyPond Versions to use" die gewünschte Zeile auswählen, dann "Edit" und im Feld "LilyPond Command:" das Script eintragen.
Dann wird, sobald Du den Compile-Knopf drückst, dieses Script ausgeführt.
Viele Grüße
Torsten