Ich glaube, man kann da nicht viel tun mit wenig Aufwand außer sich eine andere Lösung auszudenken, die ohne transparente Notenköpfe auskommt, das Problem ist nämlich, daß der Hals hier zur unteren Note gehört und man ihn nur am anderen Ende einfach kürzen kann. (Man könnte noch mit extra-offset arbeiten, aber dann wird er nach oben zu lang und man müßte ihn noch kürzen. Sehr unbefriedigend meiner Meinung nach.)
Aber eine solche Lösung hast du ja auch gefunden:\relative c' {
\clef bass
\voiceOne
\set fingeringOrientations = #'(left)
\once \override Fingering.X-offset = #-1.4
e4.-4-1
}
Ich frage mich aber, ob vielleicht in einem etwas größeren Kontext eine noch einfachere Lösung auftaucht, denn anscheinend hast du ja nicht alle Stimmen in diesem System in dein Beispiel aufgenommen.