Um was für Arten von Einstellungen geht es denn? Layout (\paper, \layout)? Schriftarten- und Größen? \overrides aller Arten (\with, \layout)? Copyrightzeilen etc. (\header)? Eigene Musikfunktionen, Dynamikbezeichnungen, …?
Grundsätzlich kann man Sachen, die man immer wieder braucht, in eigenen Dateien unterbringen, die man dann per \include in verschiedene Projekte einbindet. Um diese Dateien nur an einem Ort liegen haben zu müssen, kann man lilypond mit der Option -I einen solchen Ort (Ordner/Verzeichnis) übergeben; das kann man auch Frescobaldi beibringen bzw. ansonsten auch nen alias anlegen (zumindest unter Unixen, aber bestimmt auch irgendwie unter Windows), der diese Option immer setzt, sodass man das nicht jedes Mal von Hand machen muss.