Moin.
Das Problem hatte ich auch die ganze Zeit.
Seit längerer Zeit benutze ich für manche Sachen die Konsole Cygwin (WIKI: Cygwin [ˈsɪɡwɪn] ist eine Emulation der Linux-API unter verschiedenen Versionen von Microsoft Windows, auf deren Basis eine Vielzahl von Programmen aus der Unix-Welt unter Microsoft Windows bereitgestellt werden kann.)
Vor kurzem kam mir die Idee, damit Lilypond auszuprobieren — und tatsächlich, so funktioniert es (komischerwiese) einwandfrei.
Dort findet man beim Server
http://linux.rz.ruhr-uni-bochum.de sogar die aktuellste 29er Version (Server wählen => Interpreters => Lilypond).
Nun bin ich seit paar Tagen am lilyponden

Hoffe, konnte weiterhelfen.
Gruß Erik
PS: Cygwin ist hier zu finden:
http://www.cygwin.com/PS2: Hab auch nen guten Lilypond-Editor gefunden:
http://jedit.org . Man muss aber die Entwicklerversion downloaden, denn sonst funktionert das Lilypond-Plugin (entweder im Programm laden oder hier:
http://lilypondtool.organum.hu/87.0.html ) nicht !