Hallo,
ich bin zwar nicht der Experte für die Linux-Intallation, aber ich mache wohl etwas ähnliches in der Windows-Kommandozeile. Daher werde ich hier auch keine fertige Lösung aufzeigen, sondern nur einen Lösungsweg. Vom Prinzip her dürfte das Vorgehen ähnlich sein.
Ich starte eine eingene BAT-Datei (in UNIX ein Shell-Script) zur Übersetzung einer LY-Datei in ein PDF-Datei.
Diese durchsucht erst einmal die angegebene LY-Datei nach der darin stehenden Versionskennung (also `grep`).
Anhand dieses Ergebnisses wird bei mir ein »symbolischer Link auf das Lilypond-Basisverzeichnis« umgesetzt (da bei mir alle Versionen im namentlich gleichen Verzeichnis installiert sind) - alternativ wären bei dir wohl die entsprechenden Umgebungsvariablen zu setzen bzw. zu erweitern (PATH natürlich erweitern, und das Lily-Rootverzeichnis LILYPOND_DATADIR setzen, vielleicht auch noch andere Ungebungsvariablen) und natürlich »exportieren«.
Danach wird (mit diesen Umgebungsvariablen) der jeweilige lilypond-Aufruf gestartet.
Arnold