Hallo Harm,
ich kann ein ähnliches Phänomen auf meiner Maschine beobachten:
In (äußerst) seltenen Fällen – und dann immer nach minimalen Änderungen im Quelltext (dabei geht es nicht nur um kommastellenweises Verrücken verschiedener Zeichen, auch – noch viel seltener – Änderung bspw. der Schriftart) – ist im PDF keine Änderung zu sehen. Ich kann mir nur einige Gründe zusammenreimen, ohne ihnen wirklich auf die Schliche gekommen zu sein:
(a) Die interne PDF-Vorschau hakt (Editor: TeXShop 2.37 unter Mac OS X 10.4.11).
(b) Der Editor speichert vorm Kompilieren unbemerkt nicht ab.
(c) Betriebssystem oder Lily oder Editor oder PDF-Previewer arbeiten mit einem undokumentierten Cache, der nicht richtig funktioniert (fehlerhafte Zugriffsberechtigung/willkürliche Aktualisierung?).
(d) Sonstwas

Mich wundert bei der PDF-Anzeige allerdings, dass ein offensichtlich identisches Dokument angezeigt wird, obwohl mein BASH-Script
vor dem Compileraufruf das gleichnamige PDF per
rm -rf ${1%\.ly}.pdf löscht! (Genau wegen dieses Phänomens hatte ich bereits in 2.12 diese Zeile eingebaut.) Folglich muss es irgendwo am Editor, bei Lily oder im OS liegen.
Besonders nervtötend ist dieses Verhalten natürlich beim Entwickeln und generellen Layoutänderungen. Ich verdränge gewisse Stunden, die ich mit zunehmender Verzweiflung wirsch damit verbrachte, alle Contexte wegen einer Änderung durchzuprobieren, nur um später festzustellen, dass ich bereits im ersten Versuch den richtigen Context angesprochen hatte, dies jedoch nicht dargestellt wurde *grummel*
Vielleicht hast Du ja etwas mehr Geduld, diese möglichen Fehlerursachen einmal zu prüfen

Ach so – gerade fällt mir eine zusätzliche Fehlerquelle ein: Was, wenn ein Hardwaredefekt vorliegt? Es genügte ja schon ein defekter RAM-Sektor, der nicht erkannt und trotzdem beschrieben/gelesen wird …
Unverzagt beste Grüße, Robert