Also:
1. \skip 1 bedeutet eine Ganze, du kannst natürlich jeden Wert dareinschreiben dann wird die Lücke kleiner (ich weiß allerdings nicht, ob man dann nicht die Taktzeit noch zurücksetzen muss, sodass das neue System wieder auf der 1 anfängt)
2. Ja, sie sind leider versetzt, es gibt da Möglichkeiten, das zu verschieben, aber das versteh ich leider selber nicht so richtig.
3. Beim zweiten Vorschlag werden zwei \score erzeugt, das ragged-right kann also nur für den ersten von beiden eingesetzt werden.
Allgemein zum Notensatz: Für Chor wird meistens ein System benutzt, bei dem die Taktstriche die Systeme nicht verbinden, damit der Text nicht mit den linien kollidiert. Und eine eckige Klammer, wie das ChoirStaff macht. Ansonsten wird die letzte Zeile entsprechend den anderen gesetzt, wenn alle anderen bis zum Ende gestreckt werden, dann auch die Letze! Das ist guter Notensatz, nicht, was man von Finale-Benutzern vorgesetzt bekommt (wo die letzte Zeile meistens irgendwo in der Mitte aufhört). Darum ist ragged-rigth nicht nur auf die letzte Zeile anzuwenden, sondern auf den ganzen Satz, wenn man Flattersatz braucht.
In deinem Beispiel scheint mir das einfachste, wenn du deine Intro entweder mit einem Doppelstrich (\bar "||") beendest und dann einfach weiterschreibst (ohne Lücke dazwischen) -- das scheint mir die normale Herangehensweise bei allen Noten, die ich kenne. Oder du schreibst die Intro als Score, der bis zum Zeilenende gestreckt wird und lässt dann den Hauptteil einfach in der nächsten Zeile anfangen. Das ist dann natürlich nicht so wie dein Vorbild, aber wahrscheinlich genauso gut lesbar und benutzbar.
Ich habe leider nichts finden können, ob man einen Score in die gleiche Zeile setzen kann, werde mal eine Anfrage an die Lilypond-Liste stellen, vielleicht kommt da ja noch eine Antwort.
Gruß
Till