Hallo Matti,
etwas grundsätzliches vorab (bitte als gutgemeinten Ratschlag auffassen, ist nicht böse gemeint): es wäre spitzenmäßig und äußerst zeitsparend, wenn dein gewissenhaft und sorgfältig minimalisierter „Strukturcode“ ad hoc lauffähig wäre! Also am besten die Auslassungspunkte/-blöcke (die zwar wir, aber längst nicht Lily, interpretieren können) künftig ebenfalls mit „minimal music“

füllen. Eine Versionsangabe ist auch ultranützlich! Ich darf bereits
comper in den Startlöchern erahnen, um – zu Recht – auf die grundlegend überarbeitete
vertical spacing engine ab v2.13.x hinzuweisen.
Du überschreibst die VerticalAxisGroup für ChoirStaff
als ganzes. Das schert die jeweiligen Staves innerhalb des ChoirStaff offensichtlich einen feuchten Kehrricht

Die Lösung dafür sieht auf den ersten Blick furchtbar kompliziert aus, aber unterm Strich ist es das, was Lily im Hintergrund stillschweigend interpretiert:
\version "2.12.3"
music = \relative { c d e f }
text = \lyricmode { c d e f }
\book {
%\paper { ... }
\bookpart {
%\header { ... }
\score {
<<
\new ChoirStaff \with {
fontSize = #-3
\override StaffSymbol #'staff-space = #(magstep -3)
}{
<<
\new Staff = "Sopran" \with {
\override VerticalAxisGroup #'minimum-Y-extent = #'(-2 . 2)
%\override LyricText #'minimum-Y-extent = #'(0 . 0)
}{
<<
\new Voice \music
\new Lyrics \text
>>
}
\new Staff = "Alt" \with {
\override VerticalAxisGroup #'minimum-Y-extent = #'(-2 . 2)
%\override LyricText #'minimum-Y-extent = #'(0 . 0)
}{
<<
\new Voice \music
\new Lyrics \text
>>
}
>>
}
\new PianoStaff { << { \music } >> }
>>
} % SCORE
} % BOOKPART
} % BOOK
Zwei wesentliche Sachen sind gegenüber deinem Beispiel geändert:
- Das \with-Konstrukt schließt sich ohne (öffnende) geschweifte Klammer an die \new <abc>-Deklaration an. Ergo entfällt auch die schließende Klammer (siehe Beispiel von Matthias „himatt“: genau hinschauen).
- Die VerticalAxisGroup ist pro Staff innerhalb des Systems verändert. Es ist eben nicht so, dass Elterneigenschaften in Lily immer an Kinder vererbt werden. Vielleicht wird es irgendwann einmal konsequent in Lily umgesetzt, andererseits behalten wir die gezielte Kontrolle über gewisse Mechanismen, ohne alles Nachfolgende rekursiv übernommen zu wissen. Diese Verfahrensweise findet sich ebenfalls in Matthias’ Beispiel.
Es geht folglich um die passende „Lokalanästhesie“: den Hebel
\with an der rechten Stelle mit einer wirksamen Dosis
\override anzusetzen. Dann ist die O.P. geglückt und der Patient …

Grüße und weiterhin frohes Schaffen, Robert