Ich glaube, das funktioniert nicht. Die meisten Leute, von denen ich Stücke gesehen habe, haben einfach alle Dateien zusammen in einen Ordner gepackt und dann die Hauptdatei aufgerufen, in der die anderen eingebunden werden. Du kannst probieren, ob du relative oder absolute Dateinamen verwenden kannst, wie etwa \include "../test.ly" oder so ähnlich, in Windows vielleicht auch mit dem Backslash? Zwei Punkte heißt ja auch in Windows ein Verzeichnis hoch. Aber ich wüßte nicht, wie du ein "Lilypond"-Verzeichnis festlegen kannst, das automatisch bearbeitet wird.
Du kannst dir auch eine batch-Datei schreiben, irgendwas wie:
cd \Verzeichnis\der\Datei\
lilypond projekt.ly
Dabei kann es aber sein, dass du Probleme hast, wenn in den Verzeichnis- oder Dateinamne Leerzeichen vorkommen.
Gruß
Till