Hallo Chris.
Ich benutze einfach das, was lilypond für mein System vorschlägt. Es kann sein, dass 2.12.3 auf Ubuntu noch nicht getestet wurde, oder, dass es für Ubuntu noch nicht richtig angepasst ist. Kaputt wird es wohl nicht sein, und du kannst es immer über Synaptic wieder entfernen. Dokumentation für 2.12.1 und 2.12.3 scheint auch dasselbe zu sein, also so viel anders wird es wohl nicht sein. Du kannst es sicher ohne gefahr ausprobieren, aber wie gesagt. ich tendiere dazu, immer das zu nutzen was die Lilypond vorschlägt, was momentan 2.12.1 ist.
Viel Spass!
kilgore