Woran könnte das liegen?
Meine Vermutung: Es wird festgelegt, daß genug horizontaler Platz ist, den Bogen auf staff-position −4 (also an die unterste Linie) zu setzen; gleichzeitig soll er aber zu den Notenköpfen nen gewissen Mindestabstand haben. Und anscheinend werden die dafür auch noch als rechteckig angenommen, weshalb der Abstand so groß ist.
Habe ich nur die Möglichkeit, per \shape die Größe der Haltebögen zu beeinflussen?
Nein, es gibt mehrere Propertys von Tie, die du per \override verändern kannst, z. B. minimum-length (Abstand der Notenköpfe/NoteColumns wird dann im Zweifelsfall vergrößert) und staff-position (ab einem Wert < −4,5 wird der Tie in diesem Fall sprungartig länger und sie so aus wie in deiner ersten Notenzeile).