Lilypond erzeugt ein pdf, das Dateiname.pdf genannt wird. Dort steht alle Notenzeilen drin.
Dann werden PDFs erzeugt mit Dateiname-Nummer. In jedem PDFs ist jeweils nur eine Zeilen.
Weiß ich

Und dort stimmt der Fingersatzfont nicht mehr.
Vergleich einfach mal die Ziffer 4 in der ersten Zeile von Zeilen.pdf und von Zeilen-1.pdf. Die sind unterschiedlich.
Hatte ich schon gemacht und dehalb
Bei mir nicht
geschrieben.

Jetzt sollten wir herausfinden warum wir zu unterschiedlichen Ergebnissen kommen.
Erst mal grundsätzliches:
Ich bin auf Ubuntu 16.04 64-bit
LilyPond 2.19.49 (selbst kompiliert, aber wir können auch irgendeine andere Version zum Vergleich nehmen)
Kompiliert habe ich Deinen Test-Code direkt im Terminal (kein Frescobaldi, o.ä.)
Ich hatte keine fonts eingefügt oder ausgeschlossen, sondern mich auf den default beschränkt.
Erstmal soweit,
Harm