Du kannst für jedes Lilypond-File angeben, mit welcher Zahl die Nummerierung beginnen soll. Das geschieht im \paper-Abschnitt in der Variablen first-page-number
Aber wie die Inhaltsverzeichnisse zweier völlig verschiedener Erzeugnisse zweier völlig verschiedener Programme sich in eins mergen sollen, sehe ich nicht. Ich würd ja vorschlagen, bring sie in ein ähnliches Format, kopier sie in Excel, sortier sie dort und kopier sie anschließend als statische Tabelle in Latex. Wenn du schon vorher weißt, mit welcher Seite ein Lilypond-Abschnitt beginnen soll, wird dein Buch wohl auch so wenig Dynamik haben, dass du dir diese manuelle Arbeit machen kannst.
Aber sicher weiß einer unserer Zauberkünstler einen besseren Rat? : - )
--ingmar