Hallo ingmar,
fugenkomponist hat eigentlich schon alles gesagt. Hier noch mal meine Ausführungen zum Thema, die das Ganze noch illustrieren sollen.
Die Ursache liegt in der << ... >> -Konstruktion.
Im Gegensatz zu dem was Du zu glauben scheinst, handelt es sich
nicht um einen Akkord ('EventChord), sondern um 'SimultaneousMusic.
Diese 'SimultaneousMusic wird verschieden interpretiert je nachdem in welchem Context sie auftaucht. Falls nichts angegeben wird, dann ist jedes Element aus << ... >> eine eigene Stimme (Voice).
Kompilier mal (ohne jeden Zusatz):
\version "2.18.2"
<< c' e' g' >>
Und Du wirst einen score mit drei Staffs sehen!
Wenn Du es in
einen Staff packst,
\version "2.18.2"
\new Staff << c'8 e' g' >>
entsteht
ein Staff mit
drei Voices
ohne jegliche Kollisionsvermeidung, d.h. die Noten werden übereinander gedruckt. Weches zu dem von Dir beobachteten Output führt.
Deshalb die Warnungen. In neueren Versionen ist der Text der Warnung verändert worden, um einen Hinweis auf die Lösung zu geben. Auch wenn der Hinweis hier nicht besonders weiterhilft. Er führt zu folgendem Code, der aber gerade
nicht das ist, was Du willst.
\version "2.18.2"
\new Staff
<<
\new Voice { \voiceTwo c'8 }
\new Voice { \voiceFour \override NoteColumn.force-hshift = -1 e' } % \voiceFour reicht allein nicht aus
\new Voice { \voiceOne g' }
>>
Es ist halt eine automatische Warnung, die ihr bestes versucht ...
Insoweit stelle sicher, das alles in
eine Voice kommt. Mittels \oneVoice oder explizitem Voice-context:
\version "2.18.2"
\new Voice << c'8 e' g' >>
{ \oneVoice << c'8 e' g' >> }
Neuere Versionen versuchen besseren output aus dem zu machen, was eingegeben wurde und das ist hier nunmal 'SimoultaneousMusic und keine Akkorde. Auch wenn Du alles in eine Voice packst ist es immer noch kein 'EventChord sieht nur so aus ...

'SimoultaneousMusic auf Voice-Ebene hat Fallstricke!
Ansonsten interpretieren verschiedene LilyPond-Versionen den input verschieden. Wie könnte es anders sein? LilyPond wird ja weiterentwickelt.
convert-ly verändert Dein input-file nur dann, falls die input-syntax verändert werden muß und (natürlich) falls es eine convert-rule für den konkreten Fall auch gibt.
Doku hier:
http://lilypond.org/doc/v2.18/Documentation/learning/music-expressions-explained.de.htmlDa wird aber auch gesagt, daß 'SimoultaneousMusic vorzugsweise dazu dient
polyphone Musik zu setzen.
Aber die Anwendung auf homophone sollte jetzt klarer ein.
Gruß,
Harm