Ich habe immer wieder, z. B. in der openlilylib, Dateien mit der Endung .ily gesehen und verwende sie inzwischen auch selbst so, wie ich sie verstanden habe:
LilyPond-Dateien, die eine Ausgabe (Partitur oder MIDI) erzeugen, kriegen ein .ly, LilyPond-Dateien ohne Ausgabe (nur zur Funktions- oder Musikdefinition) ein .ily.
Hat diese Annahme auch irgendwo eine Grundlage in Form von Dokumentation oder Vereinbarung? Meiner Vermutung widersprechen auch alle .ly-Dateien, die mit LilyPond ausgeliefert werden (und von denen man als Normalnutzer ja sogar etwas mitbekommt, z. B. articulate.ly, bagpipe.ly etc. und früher deutsch.ly & Co.)