LilyPond probiert, die Noten irgendwie auf Stimmen aufzuteilen, aber bei solchen Dingen machts das leider selten automagisch so, wie man es gern hätte. Es wäre aber auch schwer, für jeden Fall die richtige Lösung parat zu haben, also löst man das lieber selber mit den Befehlen \voiceOne, \voiceTwo etc. Die kümmern sich nicht nur um die Höhe der Pausen, sondern auch um so Sachen wie Richtung der Hälse, Artikulationen und Bögen. Wenn die Mehrstimmigkeit dann zuende ist, setzt man wieder \oneVoice, um LilyPond das zu sagen:
oben = \relative c' {
\override Score.BarNumber.break-visibility = #'#(#f #f #f)
\clef treble
\key c \major \tempo 2 = 90
\time 4/4
{c'16 g e e' c g e c \change Staff ="LH" \voiceOne g e c
r16 r4 \change Staff ="RH" \oneVoice R1}
}
unten = \relative c {
\clef bass
\key c \major
\time 4/4
{e16 g c c, r4 \voiceTwo r8. g16 e c' g e \oneVoice c4 r r2}
}
Das ist meiner Meinung nach wesentlich klarer als die Lösung mit manuellem \stemDown (auch wenn die in diesem Fall für die linke Hand funktionieren würde).