Naja, ein \include sollte schon noch nötig sein, ich brauche ja nicht alles immer. (Wenn du deine includes grundsätzlich immer brauchst, könntest du mal schauen, ob es irgendeine Datei (init.ly?) gibt, die du entsprechend erweitern könntest.)
Nur eben \include "xyz.ly" statt \include "/home/malte/LilyPondInputs/xyz.ly". Wie das in Frescobaldi geht, schau ich mir mal an, aber eigentlich wärs mir ganz recht, wenn das auch direkt in lilypond als Option oder in irgendeiner config-Datei geht. Große Projekte mögen ja Makefiles, wenn man nicht immer vorsichtshalber alles von Hand in Frescobaldi neu kompilieren will

Edit: eine Möglichkeit wäre natürlich, die fraglichen Dateien in das Verzeichnis /usr/local/lilypond/usr/share/lilypond/current/ly zu legen (zumindest als symlink). Aber schön find ich das nicht

(Und ich weiß auch immer noch nicht, warum dieser Pfad so komisch aussieht, da scheint irgendwas im Installationsskript anders zu laufen als es soll …)