Zuerst sollten die Noten jeder Stimme in eigenen Variablen vorliegen.
Du kannst nahezu jede Spielerei mit MIDI machen, wenn Du einen eigenen \score für den MIDI-Output schreibst. Das regelst Du über geeignete Blöcke
Gibt es in einem \score einen \layout-Block, aber keinen \midi-Block, werden nur Noten ausgegeben, aber kein MIDI.
Gibt es in einem \score einen \midi-Block, aber keinen \layout-Block, wird nur MIDI ausgegeben, aber kein Noten-PDF.
Dann kannst Du in jedem \staff bzw. jeder \voice verschiedene Abschnitte in geschweiften Klammern hintereinander schreiben.
Das wäre für den MIDI-\score z. B. :
{ c4 r c r \meineNoten }
im Noten-\score steht nur:
\meineNoten