Naja, das Problem ist, dass der erste Takt nicht ganz leer ist, sondern außer der Pause auch noch \grace s enthält. Du kannst statt zwei \tempo-Befehlen ein \tempo und ein TextScript über einem leeren Akkord (<>) verwenden:
\version "2.16.2"
\relative c'' {
\clef treble
\time 3/4
\tempo\markup \fontsize #2 "Trio"
\once \override TextScript #'extra-offset = #'(-3.5 . 0)
<>^\markup {
\concat {
(
\small \fontsize #-2 \general-align #Y #DOWN \note #"4" #1
" = "
\small \fontsize #-2 \general-align #Y #DOWN \note #"4" #1
" )"
}}
\set Score.skipBars = ##t R2.*4
\acciaccatura dis8 e4-.\f
}
Wenn ich so fragen darf: Hat es irgendeinen Grund, warum du das e von Hand verrückt hast? (Hab alle „überflüssigen“ overrides mal rausgenommen, um mir klarwerden zu können, wo eigentlich das Problem liegt …)