Hallo Christa,
oh, welch ungewohnt konventionelles Liedgut von Dir?

Im Prinzip geht Deine Lösung schon in die richtige Richtung, nur teilweise wird ein Erfolg gleich wieder zunichte gemacht:
Ob ein Taktstrich innerhalb des Staffs sichtbar ist oder nicht, bestimmt
Staff.Barline #'transparent. Auf Score-Ebene mußt Du da überhaupt nichts (!) ändern - deshalb habe ich die Stellen 'rausgeworfen.
Deine Idee, vor dem Wiederholungszeichen die transparent-Eigenschaft wieder auszuschalten ist goldrichtig, aber wenn Du sie sofort nach dem Taktstrich - quasi zum selben Zeitpunkt, wieder einschaltest, ist der gewünschte Effekt wieder kaputt.
Es genügt also völlig ein
\once\override Staff.BarLine #'transparent = ##f \bar ":|", nichts weiter.
Einmal pro Staff reicht übrigens, das muß nicht in jeder Voice geschehen.
Hier ist der dahingehend geänderte Code, hoffentlich zu Deiner Zufriedenheit:
\version "2.16.1"
\paper {
#(layout-set-staff-size 17.3)
%page-count = 1
%system-count = #2
indent = #0
top-margin = #14
inner-margin = #14
outer-margin = #18
two-sided = ##t
%bottom-margin = #23
ragged-last-bottom = ##t
ragged-right = ##f
%ragged-last = ##t
tagline = ##f
%first-page-number = #3
print-page-number = ##f
print-first-page-number = ##t
oddHeaderMarkup = \markup \fontsize #2 \fill-line { \null \on-the-fly #not-first-page \fromproperty #'page:page-number-string }
evenHeaderMarkup = \markup \fontsize #2 \fill-line { \fromproperty #'page:page-number-string \null }
}
rochade = \once \override Score.BreakAlignment #'break-align-orders =
#(make-vector 3
'(left-edge
ambitus
breathing-sign
clef
time-signature
staff-bar
key-cancellation
key-signature
custos))
padTsBar = \once \override Score.TimeSignature #'space-alist = #'(
(first-note fixed-space . 2.0)
(right-edge extra-space . 0.5)
(staff-bar minimum-space . 3.0))
raus = \once \override DynamicText #'extra-offset = #'(+1.0 . -0.0)
ignore = \override NoteColumn #'ignore-collision = ##t
blOff = {
\override Score.BarLine #'transparent = ##t
%\revert Score.SpanBar #'stencil
}
blOn = \override Score.BarLine #'transparent = ##f
\markup \fill-line \bold \fontsize #2.5 { "67. Herr Christ, der einig Gotts Sohn" \null \null }
\markup \fill-line { }
\markup \fill-line { }
upper = \relative c' {
\clef treble
\key f \major
\time 2/1
\override Score.BarNumber #'transparent = ##t
\override Score.BarLine #'hair-thickness = #1.425
\override Score.BarLine #'thick-thickness = #4.5
\override Staff.BarLine #'transparent = ##t
%\override Score.TimeSignature #'stencil = #'()
\overrideProperty #"Score.NonMusicalPaperColumn"
#'line-break-system-details #'(
(alignment-distances . (13)))
<<{\partial 2 f2 f4 a g f e2 d a' bes4 g2 a4 g2 f \once\override Staff.BarLine #'transparent = ##f \bar ":|"
r4 f \bar " "
\break
\overrideProperty #"Score.NonMusicalPaperColumn"
#'line-break-system-details #'(
(alignment-distances . (13)))
a a bes bes c2 g \breathe c a f4 g2 f4 e2 d a' bes4 g2 a4 g2 f1
\break
\overrideProperty #"Score.NonMusicalPaperColumn"
#'line-break-system-details #'(
(alignment-distances . (13)))
}\\
{c2 d2. c4 bes2 a e'4 f2 d f e4 c2
c d1 c1. d4 es d2 e4 d2 g,4 a bes es d2 f d4 f e c1}>>
\revert Staff.BarLine #'transparent \bar "|."
}
lower = \relative c' {
\clef bass
\key f \major
\override Staff.BarLine #'transparent = ##t
<<{a2. f4 e f g2 f c' d4 c bes a bes c a2 \once\override Staff.BarLine #'transparent = ##f \bar ":|"
a f1. e2. g4 f2 a4 bes g a bes g2 f4 c'2 bes a4 f c'2 a1 }\\
{f2 bes, c4 d2 c bes a4 g2 c1 f,2 f' d bes a4 bes c bes a2 d2. bes4 c2 g4 bes2 a4 g fis g2 bes c f,1 }>>
\revert Staff.BarLine #'transparent \bar "|."
}
music = {
\new StaffGroup \with {
\override StaffGrouper #'staff-staff-spacing #'basic-distance = #3
\override StaffGrouper #'staff-staff-spacing #'stretchability = #30
\override ScoreSystem-System-Spacing #'basic-distance = #100
%\override StaffGrouper #'staffgroup-staff-spacing #'basic-distance = #7
}
<<
\new Staff <<\upper >>
\new Staff <<\lower >>
>>
}
\score {
\music
\midi {
\context {
\Score
tempoWholesPerMinute = #(ly:make-moment 100 4)
}
}
\layout { }
}
Viele Grüße
Torsten