Hallo Friederich,
willkommen im Forum (wenn ich das als Forums-Neuling schon sagen darf

),
Ich gehe mal davon aus, daß Du einen Windows-Rechner benutzt.
Jedenfalls hab ich jetzt bei einer Datei knapp 29.000 Zeichen geschafft und kann einfach nichts mehr eingeben.
"LiliPad" ist im Grunde nichts anderes als eine ältere Version des berühmt-berüchtigten Microsoft Notepad-Editors.
Ich habe es gerade mal bei mir ausprobiert (Windows XP professional, Service Pack 3) und komme mit dem LilyPad auf eine maximale Dateigröße von 30.000 Bytes, das entspricht genau Deiner Beobachtung (wenn Du die Zeilenumbrüche mitzählst...)
Dies ist allerdings keine Einschränkung von Lilypond.
LilyPad wird nur mitgeliefert, damit man überhaupt etwas zum Editieren von Dateien hat. Du kannst stattdessen problemlos Deinen Lieblingseditor verwenden - schließlich kommt es nur darauf an, eine Textdatei zu erstellen.
Sogar mit dem aktuellen Notepad-Editor wirst Du schon sehr viel weiter kommen, aber glücklich werden bestimmt nicht.
Es gibt eine
Liste mit speziell für Lilypond geeigneten Editoren.
Ich bin mittlerweile nach Emacs und jEdit bei
Frescobaldi gelandet und sehr zufrieden.
Muss ich's auf mehrere Dateien aufteilen? Kann ich vielleicht an irgendwelchen Einstellungen irgenwas ändern? Brauche ich eine andere Eingabeart/-datei???
Prinzipiell ist es aus organisatorischen Gründen bei großen Projekten ratsam, alles auf mehrere Dateien aufzuteilen, aber in Deinem Fall ist es einfach eine Frage des passenden Editors.

Viele Grüße
Torsten