Ich antworte mir mal selber jetzt, aber vielleicht ist dies hier ja noch von Interesse für den einen oder anderen: Ich habe trotz des Bugs mit dem fehlenden Button (siehe unten) nun 2 Lilypond-Versionen auf dem Rechner: 2.14.2 und 2.12.3.
Ich habe in Frescobaldi eingestellt, daß die Versionen aus den Einträgen im .ly-Dokument heraus erkannt werden. Das funktioniert tatsächlich perfekt: je nachdem, was ich in ein und demselben Dokument unter \version eintrage, springt die neueste oder die ältere Version an. Die beiden Versionen sind auf unterschiedliche Art installiert worden: 2.12.3 übert Synaptic und 2.14.2 von Hand über die Konsole. Daher liegen sie auch in verschiedenen Verzeichnissen: 2.12.3 in /usr/bin und 2.14.2 in ~/bin.
Einen Haken gibt es allerdings: wenn ich in Frescobaldi die Dokumentationen ansehen möchte, bekomme ich nur die von 2.12.3 gezeigt. Die von 2.14.2 muß ich immer im Browser betrachten. Mir ist noch keine zündende Idee gekommen, wie ich das komfortabler gestalten könnte.
Eine dritte Lilypond-Version habe ich leider auch nicht installiert bekommen, da das Installationsskript immer darauf besteht, meinen Benutzer-Ordner für die Installation zu nehmen. Einen Unterordner scheint es nicht zu akzeptieren. Vielleicht müßte ich es umschreiben...
Wenn ich für eine schon bestehende Lilypond-Installation im Benutzerverzeichnis einen Unterordner anlege, um Verwirrung zu vermeiden, da nach einer Installation per Shellskript immer die Ordner "lilypond" und "bin" dort angelegt werden (wenn ich dort z.B. zwei verschiedene Versionen haben möchte), findet Frescobaldi trotz Pfadeintrag in den Einstellungen kein lilypond mehr.
Vielleicht fällt ja noch jemandem etwas dazu ein...
Nachtrag: wenn ich das Handbuch von 2.14.2 in das Verzeichnis verschiebe, in dem das Handbuch von 2.12.3 liegt (mit sudo), und dann das 2.12.3er Handbuch irgendwoanders hin verlagere, erkennt Frescobaldi das Handbuch von 2.14.2! Es ist sogar egal, wie der Ordner dann heißt: ich habe ihn "html1" genannt, und es geht trotzdem. Das Verzeichnis für das Handbuch 2.12.3 ist /usr/share/doc/lilypond. Das ist zwar auch nur eine Behelfslösung, aber mit der kann man vorerst leben, wenn ansonsten die beiden Programme tadellos mit Frescobaldi zusammenarbeiten.